In seiner Jugend bildete Jiraiya ein Team mit Tsunade und Orochimaru. Ausgebildet wurden die jungen Genin von Sensei Hiruzen Sarutobi. Dieser motivierte Jiraiya dazu, seinen vertrauten Geist zu finden. Deswegen verbrachte Jiraiya einen Großteil seiner Jugend auf dem Myouboku-Berg, wo er das Nin- und Sen-Jutsu von den Fröschen erlernte. Ihm wurde zudem eine Prophezeiung übermittelt.