Saber n'a pas apprécié les risques qu'a pris Shirou face à Rider. Cependant, en plus de la colère de la jeune femme, il doit se démêler avec la présence rapprochée de Rin qui fait de l'ombre à la timide Sakura. Mais pour le moment, une mission l'attend : en compagnie de Rin, ils doivent détruire les sceaux qui créent le champ de force autour de l'école, et ainsi retarder son emprise sur les élèves. Et si la lycéenne sait rompre le charme, Shirou sait trouver les sceaux et leur affaire semble en bonne voie...