Après avoir appris le passé de Kannagi, Arata est encore plus déterminé à changer le monde. Il s'entraîne au maniement de l'épée avec Kanate tandis que le groupe se dirige vers la capitale. Pendant ce temps, dans le Japon moderne, Arata rencontre l'ami qui l'a trahi et qui éprouve maintenant une immense culpabilité pour ce qu'il a fait.