Un'agente della CIA di nome Naomi scopre un file su Madeline Pierce e sul suo coinvolgimento con la Divisione e lo consegna al Direttore dell'agenzia. Morgan Kendrick, che viene ucciso poco dopo. Amanda incastra Sean per l'assassinio e la CIA lo trattiene in custodia. Nikita promette ad Alex che riusciranno a liberare Sean e organizza un piano rischioso per salvarlo.