Het verhaal speelt zich af in 2007, wanneer professor Takuma Nekasa een gen code ontdekt die het grootste mysterie van het menselijk lichaam zal ontsluiten en de mensheid zal blootstellen aan de grootste bedreiging. Als gevolg hiervan zijn Gawl, Koji en Ryo – drie jonge wetenschappers uit een toekomstige periode – terug in de tijd gereisd om deze fout ongedaan te maken. Hoewel het trio van plan was een jaar vóór de ramp aan te komen, worden ze in plaats daarvan drie maanden vóór de gebeurtenis vervoerd. In hun poging om de wereld te redden worden ze tegengewerkt door de mysterieuze en sluwe Ryuko Saito, een wetenschapper die de toekomst verkiest zoals die is. Saito wordt bijgestaan door Generators, onaardse huurmoordenaars die zich voordoen als mensen. Terwijl Ryo en Koji hun missie proberen te voltooien, moet Gawl zelf 'genereren' en net als zijn vijanden worden om op hun voorwaarden te vechten.