Mutanti sú ľudia s nadprirodzenými schopnosťami, ktorých odlišnosť sa prejaví až v puberte a spôsobuje ju evolučný skok ľudského druhu. Cynický dospelý Magneto, ktorý ovláda kovové veci pomocou magnetického poľa, očakáva vojnu medzi príslušníkmi svojho druhu a obyčajnými ľuďmi. Jeho bývalý priateľ Charles Xavier presadzuje zase mierové spolužitie. Magneto chce pomocou špeciálneho žiarenia zmeniť na mutantov mocných tohto sveta, ktorí sa zídu na zasadnutí OSN. On i Xavier majú suitu mutantov, ktorí medzi sebou bojujú. Cieľom Xaviera a jeho pomocníkov (X-Men) je zabrániť katastrofe a zachrániť mladú mutantku Rouge (Anna Paquinová), ktorá má proti svojej vôli poslúžiť Magnetovým cieľom.