En una vía de tren frondosa al sur de Kisangani, en el antiguo Zaire, una expedición de las Naciones Unidas y un grupo de periodistas se encuentran con refugiados "perdidos". Son hutus de la lejana Ruanda, los últimos supervivientes a tres años de hambre y persecución armada que arrasó la cuenca del Congo. Diario de Kisangani sigue a estos refugiados hacia la selva, llevando al espectador al corazón de la oscuridad (el mismo lugar donde Joseph Conrad escribió su novela un siglo antes), y revela el caos y el sufrimiento inconcebible que son las consecuencias de la guerra civil.