Hace mucho tiempo, existían entidades gemelas; uno siendo el OverLord de la luz, mientras que el otro OverLord era el de la oscuridad. Estos "hermanos" gemelos coexistieron en armonía por un tiempo, creando finalmente nuestro mundo. Sin embargo, ninguno de los dos pudo ponerse de acuerdo sobre quién reinaría sobre su creación y se libró una batalla por el control. Al final, el OverLord de la Oscuridad triunfó sobre el OverLord de la luz. Pero con su último aliento, el OverLord de la luz otorgó su esencia a la humanidad: las semillas de Agito, con la esperanza de que un día evolucionarían más allá del control de su hermano, dándoselas personalmente a los pasajeros a bordo del barco Akatsuki. Después de bendecirlos con el poder, el barco fue atacado por el El del Agua enviado por el OverLord de la Oscuridad, temiendo que su hermano les otorgara las semillas de Agito a los pasajeros.En la actualidad un hombre llamado Shōichi Tsugami no tiene aparentemente ningún recuerdo. No sabe quién es, de dónde vino, o cómo llegó a estas peculiares circunstancias. Tsugami, aparentemente por ninguna razón, se transforma en un poderoso superhumano, Kamen Rider Agito, siempre ante la presencia del crimen. El mal primario que él combate es una raza de superpoderosos hombres bestia, referidos como Unknown, que han sido responsables de una serie de asesinatos alrededor de Tokio.En respuesta a esta amenaza, el departamento del policía saca su arma más novedosa, el poderoso Kamen Rider G3. G3 y Agito no saben si deben unirse y derrotar a los Unknowns, sus enemigos comunes; o combatirse, manteniendo los misterios que los tienen separados. En última instancia, aún más misterios se revelan con la aparición de Kamen Rider Gills, que está en una búsqueda para destapar el misterio del por qué su padre se suicidó. Estos misterios y otros chocan, con el destino de Tokyo y del universo entero en manos de Agito