Heiji et Kazuha étaient censés venir à l'agence Mouri pendant une visite à Tokyo, mais sont en retard de plusieurs heures. Inquiets, Ran, Conan et Kogoro partent à leur recherche, sans savoir qu'ils sont retenus contre leur gré par une bande de malfrats. Mais Heiji arrive à envoyer des indices codés à Conan.