Six mois après la bataille contre les Pactisants des Ténèbres, une pierre tombe du ciel en périphérie de la ville. Lazar s'y rend pour enquêter et se retrouve face à trois personnes venant d'Yliaster. Trudge et Mina eux, enquêtent sur un duelliste nommé Ghost qui fait crasher ses adversaires après les avoir battus. Ils demandent de l'aide à Yusei, Jack et Crow qui préparent un nouveau tournoi mondial, mais Crow refuse de les aider. Trudge part donc à la recherche de Ghost et le rencontre. Ils s'affrontent en duel et Ghost le bat. Plus tard dans la nuit, Yusei, Jack, Crow et Mina se rendent à l'hôpital pour voir Trudge et Yusei décide d'aller affronter Ghost lui-même. Il le retrouve et l'affronte, cependant, Ghost invoque un monstre Empereur Machine qui a pour but de détruire les monstres synchros.